Tháng 10 năm 1976, ngay khi quyết định thành lập Trường Đại học Y Dược TP. Hồ Chí Minh, bộ máy tổ chức của trường cũng được hình thành trong đó có Phòng Giáo vụ và Phòng Quản lý học sinh. Phòng Giáo vụ có chức năng xây dựng và triển khai thực hiện chương trình đào tạo, kế hoạch giảng dạy, thi học kỳ và thi tốt nghiệp. Phòng Quản lý học sinh có chức năng tổ chức tuyển sinh, thực hiện các chính sách cho sinh viên, công nhận tốt nghiệp, phân công ra trường và xét cấp bằng Năm 1978, trường thay đổi chương trình đào tạo chuyển từ chương trình đào tạo bác sĩ đa khoa sang đào tạo bác sĩ sơ bộ chuyên khoa, theo đó trường đã tuyển sinh và đào tạo 10 khóa chính quy bác sĩ sơ bộ chuyên khoa. Năm 1986, Phòng Đào tạo tại chức được thành lập. Phòng Quản lý đào tạo được thành lập do sáp nhập từ Phòng Giáo vụ và Phòng Quản lý học sinh. Năm 1998, Thành lập Phòng Đào tạo trung học do có sự sáp nhập của trường Trung học Kỹ thuật Y tế Trung ương 3 và trường Trung học Y Dược học dân tộc Tuệ Tĩnh II vào trường Đại học Y Dược TP. Hồ Chí Minh. Phòng Đào tạo tại chức sáp nhập vào Phòng Quản lý đào tạo thành Phòng Đào tạo đại học. Cũng trong năm này, Hội nghị cải cách giáo dục y học nhằm đưa ra những giải pháp để tăng cường chất lượng đào tạo; hội nghị đã thống nhất các nguyên tắc đổi mới và xây dựng chương trình quy chế đào tạo, chương trình đào tạo bác sĩ đa khoa thực hành tổng quát thay cho đào tạo bác sĩ đa khoa diện hẹp.